小三通先以直升机为开路先锋，以务实面考虑，可行性比较大，而且具有空运指标作用，目前金门和马祖地方政府、社会大众已形成一股期待，同时航空业者也完成初步评估报告，只待台湾政府政策开放。

　　在两岸节日包机之后，地方府、会及民代已迭次向中央反映，比照节日项目包机或建立紧急救难运输方式，开放小三通空运机制。

　　今年年中，两岸研商四项包括项目货运包机、节日客运包机机制化、紧急医疗包机、急难救助与残障（疾）人士等特定人道包机；在货机运项目包机启动，金门和马祖人士更热切期待小三通空运也比照开放，或以先延伸开放小三通空运假日化，再逐步扩大常态化。

　　金门和马祖地方政府及民众以及台商诉求小三通开放空运做开路先锋，一般认为比较没有争议，不牵涉航线定位及主权等问题。

　　小三通空运成为金马民意期待之同时，民间航空业者也完成初步评估报告，认为初期以直升机飞航比较适合，航路规划、相关规定修正、配合都比较方便，只要政策一许可，很快就可以飞来飞去。

　　空运不比海、陆运，的确固定翼飞航器要求很多，作业也麻烦，直升机规定要求比较少。业者提出规划沿两岸小三通之海运船只航线飞航，并且可运用南、北竿机场现有配置之导航设施（归航台／NDB）以及直升机配备的全球定位仪（GPS）作为航行及定位参考。

　　以两马海运航线估算，单一航次的三十五海浬，飞航时间包括预估飞航管制延误时间，约二十分钟，在便利性上，比海运上、下船约二小时，要节省一个半小时以上时间。至于飞航路线的划定，与马尾两地之间，目前并无既定的航空器飞航路线，虽然初步构想是以船只的航行路线为飞航路线之依据；但是，若能以直升机飞航为主体考虑，划定合宜、简约的经济飞航路线，当为长久之计。

　　在费用上，单程一张票要五千元新台币，与当初港、澳直升机票价接近，还是有它的客源，主要在时间快，冬天不必受风浪巅簸之苦，二十分钟航程，相当于南竿至东引一趟，也等于在岛与岛之间穿梭。

　　最初大家认为对岸起降点设在福州是最佳的选择，以直升机场站设备花费少及配合港口海关通关作业，马尾港还是列入选择点，去福州也近，比固定翼的长乐机场一个多小时车程更方便。

　　小三通空运，对大陆方面来说，对岸很早即表明持开放态度，兴建直升机场站也不是大问题。