除了天气不正常的因素外，马祖南竿、北竿机场的班机准点率算是还不错，根据台湾“民航局”的调查统计，全台湾机场的班机平均延误时间为一点八分钟；马祖南、北竿机场的平均延误时间为二点八分钟。

　　根据台湾“民航局”针对台湾各机场做的班机平均延误时间调查，北竿机场为一点七分钟、南竿机场为三点九分钟，全台湾平均是一点八分钟。台湾误点最多的是恒春机场，时间长达十三点四分钟，一分钟都没有延误的是澎湖七美机场。

　　马祖地区目前仍然只有一家航空公司在营运，天气不正常时，旅客只要有飞机搭就心满意足了，对于班机有没有误点，通常是不会计较的。但台湾“民航局”的班机准点率调查是会列入年度评比的，这个评比的积分影响到航权的分配，所以航空公司对准点率也是相当重视的。